目的基因序列太短如何延长，因为想用常规的q-PCR的方法，奈何目的基因序列只有61bp?
2023-08-23 阅读 48
如果目的基因序列太短，无法直接使用常规的q-PCR方法进行分析，你可以考虑使用引物延长技术（primer extension）来扩增目的基因序列。
引物延长技术是一种利用引物在目标序列上进行逆转录和延伸的方法。下面是一个可能的实验步骤：
1. 设计一对引物，其中一个引物与目的基因序列的末端部分互补，另一个引物包含一个逆转录起始位点（RT primer），可以在逆转录过程中作为延伸的起始点。
2. 使用逆转录酶和RT primer，将目的基因序列的末端逆转录为cDNA。
3. 在逆转录反应中加入dNTPs和DNA聚合酶，使cDNA在RT primer的引导下进行延伸。
4. 根据延伸产物的长度，设计一对新的引物，其中一个引物与cDNA的末端部分互补，另一个引物包含一个qPCR引物的序列。
5. 使用新的引物对cDNA进行qPCR扩增，以检测目的基因序列。
请注意，引物延长技术需要精确的引物设计和优化实验条件，因此可能需要一些尝试和优化。此外，引物延长技术可能会引入一些假阳性结果，因此需要进行适当的阴性对照和验证。
另外，你还可以考虑使用其他技术，如Nested PCR或Inverse PCR，来扩增目的基因序列。这些方法可以在目的基因序列较短的情况下增加扩增的特异性和效率。
更新于 2023年08月23日
