用Rosetta进行蛋白蛋白对接时如何连同protein中ligand一起计算？
2023-06-14 阅读 31
在使用Rosetta进行蛋白蛋白对接时，如果需要将蛋白质中的配体一起考虑进来，可以通过以下步骤实现：
1. 首先需要将蛋白质和配体的分子结构合并为一个pdb文件。
2. 然后使用Rosetta的ligand参数文件对配体进行参数化，生成ligand_params文件。
3. 接着，在进行蛋白质与蛋白质对接时，需要将ligand_params文件和pdb文件一起作为输入文件进行计算。
具体来说，可以使用Rosetta的命令行参数“-extra_res_fa”来指定ligand_params文件的路径，例如：
```
rosetta_scripts.linuxgccrelease \
-in:file:s input.pdb \
-extra_res_fa ligand_params.params \
-docking_protocol ligand_docking.xml \
-parser:protocol docking.xml \
-out:file:scorefile score.sc
```
其中，ligand_params.params是ligand参数文件的文件名，ligand_docking.xml和docking.xml是Rosetta的协议文件，用于定义蛋白质与配体的对接过程。
更新于 2023年06月14日
