用GROMACS跑完动力学，怎么分析蛋白部分区域的RMSD了？
2023-04-21 阅读 49
要分析蛋白质部分区域的RMSD，可以按照以下步骤进行：
1. 选择需要分析的蛋白质部分区域，例如可以在PDB文件中用生物学单元（biomolecule）或链（chain）来定义。
2. 使用GROMACS中的命令trjconv将模拟过程中的坐标文件转化为PDB格式，并仅选择需要分析的部分区域。例如，假设需要分析PDB文件中的第二个链，可以使用以下命令：
```
gmx trjconv -f traj.xtc -s topol.tpr -o protein.pdb -n index.ndx -b 1000 -e 2000 -select 'chainid 2'
```
其中，-f指定模拟过程中的坐标文件，-s指定拓扑文件，-o指定输出文件，-n指定索引文件，-b和-e指定需要分析的时间范围，-select指定需要分析的部分区域。这里的“chainid 2”表示选择第二个链。
3. 使用GROMACS中的命令rms来计算蛋白质部分区域的RMSD。例如，假设需要计算PDB文件中的第二个链的RMSD，可以使用以下命令：
```
gmx rms -f traj.xtc -s topol.tpr -o rmsd.xvg -n index.ndx -fit rot+trans -tu ns -select 'chainid 2'
```
其中，-f指定模拟过程中的坐标文件，-s指定拓扑文件，-o指定输出文件，-n指定索引文件，-fit指定如何拟合结构（这里选择旋转和平移），-tu指定时间单位，-select指定需要分析的部分区域。这里的“chainid 2”表示选择第二个链。
4. 分析输出文件rmsd.xvg，可以得到蛋白质部分区域的RMSD随时间的变化情况。
更新于 2023年04月22日
