PyMOL 如何直接选中参与形成氢键的残基？
2024-12-11 阅读 15
要在 PyMOL 中直接选中参与形成氢键的残基，可以按照以下步骤操作：
1. 首先，使用命令 `select` 选择所有可能参与形成氢键的原子。例如，可以使用如下命令选择所有氮原子：`select nitrogen, name N`。
2. 接着，使用 `iterate` 命令遍历所选原子，找到与其他原子形成氢键的情况。例如，可以使用如下命令查找所有氮原子与氧原子形成氢键的情况：`iterate (nitrogen), print(resi, resn), (oxygen), print(resi, resn)`。
3. 最后，根据第二步的结果，使用 `select` 命令选择参与形成氢键的残基。例如，如果想选中与氧原子形成氢键的残基，可以使用如下命令：`select hydrogen_bond_residues, resi 123+456+789`，其中 123、456、789 是与氧原子形成氢键的残基编号。
通过以上步骤，你就可以在 PyMOL 中直接选中参与形成氢键的残基了。希望对你有帮助！
更新于 2024年12月11日
