生物信息学中如何批量获得多个物种所有已知序列蛋白的UniProt ID？
2024-11-26 阅读 13
要批量获得多个物种所有已知序列蛋白的UniProt ID，可以通过UniProt网站提供的REST API来实现。以下是一种可能的方法：
1. 首先，需要准备一个包含多个物种的列表，每个物种对应其NCBI Taxonomy ID（如人类的Taxonomy ID为9606）。
2. 使用UniProt的REST API查询接口，可以通过发送HTTP请求来检索每个物种的所有已知序列蛋白的UniProt ID。可以使用类似如下的URL来查询特定物种的蛋白信息：
```
https://www.uniprot.org/uniprot/?query=organism:9606&format=tab&columns=id
```
其中，`organism:9606`表示查询Taxonomy ID为9606的物种（即人类），`format=tab`表示以表格形式返回结果，`columns=id`表示只返回UniProt ID。
3. 可以编写一个脚本，循环发送HTTP请求，依次查询每个物种的蛋白信息，并将结果保存下来。
通过这种方式，你就可以批量获得多个物种所有已知序列蛋白的UniProt ID。请注意，使用API时需要遵守UniProt网站的使用条款和限制。
更新于 2024年11月26日
