如何在 BEAST 2 中为树设定先验分布？
2023-04-26 阅读 609
在 BEAST 2 中，可以使用 XML 文件为树设定先验分布。具体步骤如下：
1. 打开 BEAUti，导入您的数据文件。在左侧的“Partitions”选项卡中设置您的数据分区。
2. 在“Site Model”选项卡中，选择您的核苷酸或氨基酸模型。
3. 在“Clock Model”选项卡中，选择您的分子钟模型。
4. 在“Priors”选项卡中，选择“TreePrior”标签。
5. 在“TreePrior”标签中，选择您想要使用的树先验分布。BEAST 2 支持多种树先验分布，例如 Yule 模型、Birth-Death 模型等。
6. 根据您选择的树先验分布，设置相应的参数。例如，如果您选择了 Birth-Death 模型，您需要设置 birth rate 和 death rate 等参数。
7. 点击“File”菜单，选择“Save As”保存您的 XML 文件。
8. 使用 BEAST 运行您的 XML 文件。
注意：在 BEAST 2 中，树先验分布的设定需要在 XML 文件中完成，因此需要一定的 XML 编程能力。
更新于 2023年05月01日
