没有gff文件只有fas，怎么提取基因组的全部CDS？
2023-08-16 阅读 33
如果你只有一个fas文件（fasta格式的文件），而没有gff文件，你可以尝试使用一些基因组注释工具来预测和提取CDS（编码DNA序列）。这些工具可以根据已知的基因组序列和一些预测算法来预测基因的位置和CDS区域。
以下是一些常用的基因组注释工具：
1. AUGUSTUS：AUGUSTUS是一个广泛使用的基因预测工具，可以根据物种的基因组序列和一些训练模型来预测基因的位置和CDS区域。
2. GeneMark：GeneMark是另一个常用的基因预测工具，它使用统计模型和算法来预测基因的位置和CDS区域。
3. Glimmer：Glimmer是一个基因预测工具，使用隐马尔可夫模型来预测基因的位置和CDS区域。
你可以选择其中一个工具，并按照其文档和指南的说明来进行基因预测和CDS提取。请注意，这些工具的预测结果可能会有一定的误差，因此最好结合其他实验证据来验证预测的结果。
更新于 2023年08月16日
