蛋白质的二级、三级、四级结构是由其氨基酸序列所决定的。具体来说,蛋白质的二级结构是由氨基酸之间的氢键和其他非共价键的相互作用所决定的,如α-螺旋和β-折叠。蛋白质的三级结构是由蛋白质中的不同区域之间的相互作用所决定的,如疏水作用、静电相互作用、氢键、范德华力等。蛋白质的四级结构是由多个亚基之间的相互作用所决定的,如离子键、氢键、疏水作用等。总之,蛋白质的结构是由其氨基酸序列所决定的,并且不同的相互作用方式会导致不同层次的结构形成。