基因组大语言模型中词汇本（BPE产生的）进行优化能不能提升模型的效果？
2024-11-22 阅读 113
能。针对基因组语料专门优化 BPE 词表通常能提升模型效果，因为它能把生物学上有意义的片段（motif、k‑mer、保守域）作为 token，从而减少序列长度、提高表示效率并降低 OOV。关键在于选择合适的词表大小、训练语料（物种、基因组/转录组/蛋白序列）、是否考虑反向互补和合并策略；同时要权衡词表过大带来的稀疏性和参数增长。实践建议做对比实验：不同词表规模和合并次数，评估困惑度和下游任务表现、序列长度和覆盖率；必要时考虑联合训练 tokenizer 与模型或采用可变长度 tokenization。总之，基于任务和语料驱动的 BPE 优化通常能带来明显收益，但要注意计算成本和泛化能力。
更新于 2026年01月03日
