在PDB文件中，如何判断两条链（或多条）是来自同一个蛋白质的亚基？
2024-04-14 阅读 13
在PDB文件中，可以通过以下几种方法来判断两条链（或多条）是否来自同一个蛋白质的亚基：
1. 序列相似性：通过比对两条链的氨基酸序列，可以判断它们是否具有高度相似性或同源性。如果两条链的氨基酸序列非常相似，那么它们很可能来自同一个蛋白质的不同亚基。
2. 结构域匹配：可以使用结构比对工具（如DALI、CE等）来比较两条链的三维结构，看是否存在相似的结构域。如果两条链的结构域非常相似，那么它们可能来自同一个蛋白质的不同亚基。
3. 相互作用：观察两条链之间的相互作用，如氢键、离子键、疏水作用等。如果两条链之间存在大量相互作用，那么它们可能是同一个蛋白质的亚基。
4. 结合位置：如果两条链之间存在共同的结合位点，或者它们在结晶结构中形成一个稳定的复合物，那么它们很可能是同一个蛋白质的亚基。
综合以上几种方法，可以帮助确定两条链（或多条）是否来自同一个蛋白质的亚基。
更新于 2024年11月21日
